现在R包的功能越来越强大，已经不单纯是几个R自定义函数就能构成一个包了。目前很多R包集成许多C和python的代码，因此需要自行编译，哪有会出现各种环境问题。今天介绍一下使用bioconda如何配置R包：
利用bioconda安装R与R包
1、配置R源
＃查看当前配置哪些源 $ conda config --show channels
＃添加R源 $ conda config --add channels r
2、安装R
＃查看系统当前R版本 $ which R /usr/bin/R
＃利用conda搜索R $ conda search r-base Loading channels: done
＃ Name Version Build Channel r-base 3.1.2 0 pkgs/r conda-forge r-base 3.6.3 h7ed4ef7_0 conda-forge r-base 3.6.3 h7ed4ef7_1 conda-forge r-base 4.0.0 hdca8982_2 conda-forge r-base 4.0.0 hdca8982_3 conda-forge
＃安装R语言 $conda-c CONDA forging-y R-base = 4.0.0
＃再次搜索默认R $ which R ~/miniconda3/bin/R
3、安装R包
＃搜索deseq2包$ conda search deseq2 Loading channels: done No match found: DESEQ2.Search: * deseq2* ＃ Name Version Build Channel bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda 1.10.1 R3.2.20 bioconda
＃安装deseq2包 $CONDA installation - y biological conductor - deseq2
注意事项
1、bioconda最好升级到最新版本
Conda update -n base -c Default value
2、R的名字为r-base
3.在bioconda中使用时，R包的名称需要加上前缀“R-”
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