云服务器配置应用之如何安装bioconda

很多小伙伴购买云服务器之后不知道该如何配置云服务器，今天给大家介绍一下云服务器配置应用之如何安装bioconda:

安装bioconda

＃1下载bioconda
Wget https: Repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 64sh
＃2安装
S H miniconda3-latest-linux-x8664.sh
source ~/.bashrc
＃3添加软件源
CONDA config -- add channel
Conda configuration - Add channels
＃安装mamba
conda install -y mamba

配置sequenceserver

在线blast的应用有很多，wwwblast、viroBLAST，这里我们选择sequenceserver，http://www.sequenceserver.com。

＃1 安装podman
yum install -y podman

＃2 安装sequenceserver
podman pull docker.io/wurmlab/sequenceserver

＃3 打开端口
firewall-cmd --add-port=4567/tcp --zone=public --permanent
firewall-cmd --reload

＃4 安装blast
mamba install -y blast

＃5 建库
mkdir database
＃这里面拿一个数据作为测试ncov.fasta，可以放多个数据库
makeblastdb-in-ncov.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ncov.fasta

＃6 运行sequenceserver
podman run -d -p 4567:4567-restart = always-v ~/Database:/db docker.io/wurmlab/sequenceserver

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